Es ist sehr wichtig, dass der behandelnde Arzt die genaue Krankengeschichte kennt. Er wird nach allen Krankheiten und Unfällen fragen, die der Patient hatte. Es ist z.B. möglich, dass eine kleine Narbe, die vor einige Jahren entstanden ist, die Ursache des jetzigen Schmerzes ist, der aber wiederum in einer ganz anderen Körperregion liegen kann. Es ist wichtig sich zu erinnern, welche Erkrankungen durchgemacht wurden, und vor allem ist es wichtig festzustellen, wann die jetzigen Schmerzen begonnen haben und ob kurz vorher eine Veränderung im Körper vor sich ging: z.B. Krankheit, Unfall, Zahnleiden oder bei Frauen auch eine Geburt.

Nach Aufnahme der Krankengeschichte wird durch Ertasten (Palpation) untersucht, ob irgendwelche Veränderungen in den verschiedenen Körperregionen zu bemerken sind. Hier ist es wichtig, dass eventuelle Schmerzpunkte auch zu Hause selber untersucht und markiert werden.

Nach der Untersuchung erfolgt eine Injektion mit einer sehr kleinen Menge des Neuraltherapeutikums an den vermuteten „Störungsorten".

Nach der Injektion gilt es, die Reaktion genau zu beobachten. Es ist möglich, dass der Schmerz sehr schnell nachlässt oder gar, was zwar selten vorkommt, eine sofortige Schmerzfreiheit eintritt. Geschieht vorerst nichts, so ist anzunehmen, dass der Körper auf die ersten Behandlungen noch nicht anspricht und diese fortgesetzt werden müssen, oder dass die Störung in diesem Falle woanders liegt. Es können auch mehrere Störungen vorliegen, und die eine überdeckt die andere. Der Neuraltherapeut muss dann weitere Orte in Betracht ziehen.

Nach einer Injektion kann es passieren, dass dem Patienten schwindlig wird. Dies ist eine Reaktion des Körpers auf die neuraltherapeutische Behandlung. Man stelle sich vor, dass der erkrankte Organismus unter einem gewissen „Stress" steht. Dieser kann nun durch die Behandlung kurzfristig verändert werden, und der Organismus benötigt etwas Zeit, sich der neuen Situation anzupassen.

Es ist wichtig, sich nach einer Behandlung gut zu beobachten. Ein „Tagebuch" über die Reaktion des Körpers hilft dem Neuraltherapeuten zur besseren Lokalisation der möglichen Behandlungspunkte. In sehr seltenen Fällen können bereits ein bis zwei Behandlungen genügen um eine schmerzhafte Erkrankung zu heilen. Meistens sind jedoch mehrere Besuche beim Arzt notwendig. die dazwischenliegenden Zeitintervalle sollten jedoch immer länger werden.

Nicht alle Erkrankungen sind mit der Neuraltherapie heilbar. Der Arzt kann nur in den wenigsten Fällen voraussagen, auf welchen Wegen die Krankheit entstanden ist und wie der Weg zurück zur Heilung verlaufen wird. Da jede Stelle des Körpers zum Ursprung für eine Krankheit werden kann, gibt es natürlich eine Vielzahl von Behandlungsmöglichkeiten. Darum erfordert die Neuraltherapie ein ganz individuelles Eingehen auf den Patienten und die persönliche Vorgeschichte. Dies erfordert viel Geduld von beiden Seiten und ist eine wichtige Voraussetzung für einen Erfolg.

Wenn alle bekannten Methoden versagen, bringt eine gekonnte Neuraltherapie vielleicht doch noch einen Erfolg. Wie sagte doch Marie von Ebner-Eschenbach, eine der bedeutendsten deutschsprachigen Erzählerinnen einmal:
„Nur die Sache ist verloren, die man aufgibt"

Aber auch die Neuraltherapie ist keine „Wunderheilmethode" und hat seine Grenzen. So können einige Krankheiten nicht mittels der Neuraltherapie behandelt werden. Dazu gehören zum Beispiel: Krebs, Geisteskrankheiten, Kinderlähmung, Querschnittlähmung nach Unfällen, Erbkrankheiten, Mangelerscheinungen, Tuberkulose, Leberzirrhose oder Schrumpfniere im fortgeschrittenen Stadium, Schüttellähmung (Parkinsonismus), Multiple Sklerose und einiges mehr.

Bei Beschwerden, bei denen durch die Neuraltherapie keine Verbesserung zu erwarten ist, sieht man von einer Behandlung ab, denn durch die Neuraltherapie können nur Störungen behoben werden, nicht aber Zerstörtes wieder neu gebildet werden.